五脏六腑的运行是指五脏六腑之气的运动，包括升、降、出、入四种形式。这种运行是人体生命活动的枢纽，保证了人体正常运行。
六腑的运行包括胃、小肠、大肠、胆、膀胱和三焦。胃主要负责水谷精微输送至脾；小肠具有泌别清浊的功能，并将清者输送至脾肺，浊者排出前后；大肠则负责传化糟粕，使糟粕从肛门排出；胆附于肝，通过胆汁排泄功能体现其降泻之性；膀胱负责贮尿和排尿，同时也具有升与入的功能，通过肾的气化生成和排泄尿液；三焦主持全身气机和水液的代谢过程。
五脏的运行包括心、肺、肝、脾、肾。其中心肺居上焦胸中，其气以降为顺；肝肾居下焦腹中，其气以升为和。心火下温肾水，使肾水不寒，肾水上济心火，使心火不亢；肺气清肃下行，以治肝气升发太过；肝气疏达上散，以助肺气宣发肃降。脾胃位居中州，对各脏之间气机的运转和协调起到重要作用。
五脏六腑的气机运行保证了人体各种生理功能的推动和激发。五脏六腑组织共处于升降、出入的对立统一体中，共同完成整个机体的新陈代谢。
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