按照税务机关的规定，我校作为增值税一般纳税人适用的增值税税率分为两种：17%和6%，其中：（1）销售货物、提供加工修理修配劳务，有形动产租赁服务的税率为17%；（2）提供现代服务业服务（如技术开发、技术服务、研发等）的税率为6%。
增值税对应的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加分别为增值税税额的7%、3%、2%。
举例说明如下：
（一）6%税率：某课题负责人与某公司签订技术服务合同金额为100万元，对方支付汇款为100万元，学校对应的科研项目收入额为：100万/（1+6%）=94.34万元，对应的增值税为：100万/（1+6%）*6%=5.66万元，城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加为：5.66*（7%+3%+2%）=0.68万元。
（二）17%税率：某课题负责人与某公司签订销售货物合同金额为100万元，对方支付汇款为100万元，学校对应的科研项目收入额为：100万/（1+17%）=85.47万元，对应的增值税为：100万/（1+17%）*17%=14.53万元，城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加为：14.53*（7%+3%+2%）=1.74万元。
二、关于发票类型
我校改为增值税一般纳税人A类后，发票分为两种：《北京增值税普通发票》（以下简称普通发票）和《北京增值税专用发票》（以下简称专用发票），如对方单位需要开具专用发票的，需提供对方单位一般纳税人资格证明的复印件，对方单位取得我校开具的专用发票可以进行抵扣。专用发票开具前必须与对方单位确认好发票信息，开出后不得退换。原《北京市国家税务局通用机打发票》同时停止使用，以前开具的《北京市国家税务局通用机打发票》都不得退换票。
三、关于借开发票
按照《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令第25号）第四章第二十六条“填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票，未发生经营业务一律不准开具发票”的规定，在经费完成入款手续后可以开具相应发票，未办理入款经费不得开具发票，即一律不得借开发票。
四、关于开票流程
具体流程分为以下三种情况：
（一）以汇款和支票到款的，流程如下：
1、经费到款：到财务处核算中心取得《信汇收入登记单》或者交支票取得交款单（以下统称到款资料）。
2、经费入款：持合同和到款资料到科研院办理入款。
3、开具发票：经办人持到款资料、合同和科研院的《科学研究课题经费结算通知单》到财务处220房间3号窗口填写《报销凭证》开具发票。
（二）以承兑汇票到款的，流程如下：
1、经费到款：经办人从对方单位取得承兑汇票后，到财务处核算中心办理入款，填交款单时要注明是承兑汇票。
2、经费入款：持合同和交款单到科研院入款，办理入款后可先开具发票扣税，但剩余资金要予以冻结，等承兑汇票到期兑付，款到我校银行账户后才能解冻使用。
3、开具发票：经办人持交款单的黄联、合同和科研院的《科学研究课题经费结算通知单》到财务处220房间3号窗口填写《报销凭证》开具发票。
（三）免税发票开具流程：
2、经费入款：办理完免税手续且到款后，持合同和到款资料到科研院入款。
3、开具发票：国税局要求发票必须当月开具当月办理免税，并且发票在20号之前开具，经办人要与办理免税的老师确定后再开发票。经办人持到款资料、合同和科研院的《科学研究课题经费结算通知单》到财务处220房间3号窗口填写《报销凭证》开具发票。
五、关于进项税额的抵扣
按照《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第538号）的规定“纳税人购进货物或者接受应税劳务支付或者负担的增值税额，为进项税额。可以从销项税额中进行抵扣。”开具过应税（6%或17%增值税税率）发票的经费项目取得的增值税专用发票，可以在财务处核算中心报销时提供增值税专用发票抵扣联进行抵扣。
本通知适用的项目是横向科研项目，所有涉及国家任务的项目均为纵向科研项目，不属于增值税应税项目，因此不予开具应税发票，所取得的进项税额也不能抵扣。
特此通知。
注：《关于增值税一般纳税人的普及性知识》请参见财务处网2013年12月9日发布的《关于我校认定为增值税一般纳税人的通知》之附件。